Със завръщането си в България участва в  няколко правителства като представител на Либералната или по-късно на Прогресивнолибералната партия става министър на няколко ресора. 

Той е назначен за министър на народното просвещение в правителството на Петко Каравелов (1880 – 1881). При преврата на 27 април 1881 година трябва да остане и в новото правителство на Казимир Ернрот, но той веднага се отказва от поста, обявявайки, че учредяването на новия кабинет е незаконно, особено предвид факта, че се оглавява от чужд поданик.

По време на Режима на пълномощията ръководи Статистическото бюро при Министерството на финансите. Докато заема тази длъжност организира първото преброяване на населението в България. През 1884 г. оглавява Министерството на финансите в правителството на Драган Цанков. През същата година става действителен член на Българското книжовно дружество, по-късно преобразувано в Българска академия на науките.

За кратко Сарафов заема ръководни постове в образователния ресор като директор на  Солунската българска мъжка гимназия и на Солунската българска девическа гимназия. След повторното си завръщане в София е заместник-директор на Осигурителното дружество „Балкан“ и ковчежник на Българското книжовно дружество. Участва като министър на вътрешните работи в коалиционното правителство на Петко Каравелов и като министър на финансите в самостоятелните прогресивистки правителства на Стоян Данев.

През следващите години Михаил Сарафов заема дипломатически длъжности. Той е дипломатически представител на България във Виена и Истанбул, и представител на външното министерство в Солун по време на Балканските войни (1913). Малко известен факт е, че той участва и в българската делегация за подписването на Ньойския договор през 1919 г.В личния му архив се пази дневник, който разказва за събитията около подписването на договора и е публикуван едва след Втората световна война. Дневникът съдържа подробно описание на пътуването на делегацията от София, както и важни сведения за антибългарската кампания във френската преса, там той пише още за желанието на българските делегати да убедят държавите-победителки да не се нарушават българските довоенни граници.

През 1920 г. Сарафов влиза в ръководството на Обединената народнопрогресивна партия. По време на управлението на БЗНС той е силно разочарован от политиките на премиера Александър Стамболийски – в разговорите си с него българският политик и дипломат му напомня, че парламентарните традиции не бива да се погазват. След осуетяването на митинга на опозицията във Велико Търново през септември 1922 г. Сарафов прекратява отношенията си с българския министър-председател.

Михаил Сарафов умира в София през 1924 година.

https://conservative.bg/26-fevruari-mihail-sarafov/